Amiral Kirks seger över Khan och skapandet av planeten Genesis betyder ingenting. Spock är död ock McCoy håller oförklarligt på att drivas till vansinne. Men med ett överraskandebesök från Spocks far, Sarek, följer ett förbluffande avslöjande: McCoy hyser Spocks levande väsen. Med två lidande vänner, varav den ena lever och den andra inte gör det, försöker Kirk hjälpa dem genom att stjäla U.S.S. Enterprise och trotsa Stjärnflottans karantän av planeten Genesis. Men klingonerna känner också till Genesis och skyndar iväg för att möta Kirk i en dödlig sammandrabbning