Specialagenten Jason Fitch (Paul Logan) beger sig till Venezuela där USA:s ambassadör tros ha fallit offer för terrorister. Dessa visar sig mycket snart arbeta i team och dessutom växa med oroande fart. "Terroristerna" är nämligen monsterpirayor stora som hus, resultatet av ett galet experiment som gick snett. Producenterna bakom "Mega Shark vs Giant Octopus" överträffar sig själva i Mega Piraya - den enda filmen i världshistorien där en fisk hoppar upp i luften och slukar en stridshelikopter!