Alla våra gamla vänner är tillbaka igen, lejonet Alex, zebran Marty, giraffen Melman, flodhästen Gloria såväl som Kung Julian, Maurice och Pingvinerna. I denna uppföljning försöker de ta sig från Madagaskar tillbaka till New York - med hjälp av ett krashat plan pingvinerna försökt att lappa ihop. Mot alla odds lyckas de lyfta planet och gänget ser fram emot att komma hem till tryggheten i Central Park Zoo...när de nödlandar på savannen i Afrika...